Quoique les montagnes du canton de Neuchâtel soient situées à environ 1000 mètres au-dessus du niveau de la mer, le plupart de ses villes et villages sont dans des vallées peu profondes, tel que l’indique le mot  “Chaux” (“haute vallée ” en patois local) dans plusieurs noms de lieux.  Les villages de la Sagne et des Ponts-de-Martel sont situés dans une vallée autrefois marécageuse et riche en tourbières, “sagne” et “martel” signifient tout deux marécages. Le nom "Le Locle" provient quand à lui du mot celtique "loch" ou lac, car la vallée où la ville est située a été occupée par de l’eau.  Ces vallées sont entourées de montagnes couvertes de sapins qui donnèrent à la région son ancien nom patois “Les Noires Joux”.

Le haut du canton de Neuchâtel n’a pas été colonisé aussi tôt que le littoral (plus accessible).  Le Locle est mentionné pour la première fois dans un obituaire de 1151, qui parle d’un don fait par Renaud de Valangin et de son fils Guillaume au monastère récemment fondé de Fontaine-André à La Coudre.  Ce geste apparemment pieux servait probablement un double but, car les seigneurs de Valangin étaient évidemment anxieux d’encourager la colonisation d’une région frontière largement déserte.  Sous l’impulsion des moines, les terres ont été défrichées, et des familles colonisèrent graduellement la région. Au 13ème siècle, les seigneurs de Valangin rachetèrent leurs droits sur la région, et mirent en place un programme de colonisation plus actif, en offrant des avantages sociaux aux pionniers et colons.  En 1372, Jean d’Aarberg signe une chartre libérant les habitants du Locle et de La Sagne, les proclamant “franc-habergeants” ou hommes libres, avec le droit de disposer de leurs propre terres. Au cours du siècle suivant, plus de droits furent acquis (généralement contre paiement), à tel point que, en 1480, la région était connue comme “Le Clos de la franchise”.  A partir de 1502, les hommes libres du Locle et de La Sagne peuvent même obtenir le titre socialement désirable de “bourgeois” de Valangin.

A la fin du 14ème siècle, 31 hommes adultes tenaient des terres sous le seigneur de Valangin à La Sagne, et 28 au Locle.  En 1416/17, il y avait 50 feux dans la paroisse formée par les deux villages, et en 1531, ce chiffre a augmenté à 268 feux, y compris 145 pour Le Locle à lui seul.  Les statistiques de l’époque montrent que cette explosion démographique n’est pas résultat d’une immigration, mais d’un taux de naissance particulièrement élevé.

A la fin du 15ème siècle, Le Locle et La Sagne étaient assez grand pour former deux paroisses séparées.  Les Brenets devint une paroisse en 1512, et La Chaux-de-Fonds en 1550, quoiqu’une chapelle y existait déjà en 1528.  La Réformation a été amenée dans le canton de Neuchâtel par le prédicateur français Guillaume Farel en 1530, mais, au début, la nouvelle doctrine a rencontré la résistance farouche des autorités ecclésiastiques et séculaires du Locle et de La Sagne. Pourtant, sous la pression populaire des croyants sincères et de tout ceux qui voyaient une occasion de se débarrasser des lourds impôts imposés par l’église catholique, la Réformation a été acceptée paisiblement en 1536.

Pendant bien des années, les villages des montagnes neuchâteloises étaient purement agricoles, mais la croissance démographique a peu à peu forcé les habitants à chercher des sources de revenus alternatives. Meuniers, charpentiers, forgerons et d’autres artisans apparaissent aux côtés des fermiers autosuffisants.  La force naturelle des rivières: Le Doubs et Le Bied est domestiquée et utilisée comme outil de travail.

En 1584, Marie de Bourbon  achète les droits de Valangin, et les montagnes neuchâteloises passent sous le contrôle de la maison d’Orléans-Longueville, où elles resteront pendant plus d’un siècle. Comme la Franche-Comté voisine était au mains de l’Espagne, la région a souffert des tensions existant entre ces deux puissances, particulièrement pendant la guerre de Trente Ans lorsque les alliés suédois de la France occupèrent la vallée de Morteau.  Le calme est revenu avec la paix de Westphalie en 1684.

Au 17ème siècle, Le Locle était encore la localité la plus importante des montagnes neuchâteloises avec environ 2’300 habitants. C’est une période de dévelopement économique pour la région.  De nouvelles industries sont amenées par les réfugiés français après la révocation de l’Édit de Nantes en 1685, surtout l’art des dentelles, qui fournissait un revenu supplémentaire bienvenu aux familles paysannes.  L’horlogerie encore à ses débuts, suite à son installation par Daniel Jeanrichard au Locle en 1705, deviendra bientôt une force majeure, avec des personnalités telles que Jacques-Frédéric Houriet (1743-1830), Sylvain Mairet (1805-1890) et Frédéric-William Dubois (1811-1869). 

En 1752, il y avait 460 horlogers dans les montagnes neuchâteloises et dans le Val-de-Travers, et en 1791 ce chiffre se monte à 3’500. D’autres artisans prospèrent également, émailleurs, lapidaire, doreurs, mécaniciens de précision tournent leur attention vers les demandes de l’horlogerie et la main d’œuvre locale est renforcée par des travailleurs migrants.

La Chaux-de-Fonds est à l’origine un lieu d’estivage pour des paysans du Val-de-Ruz, mais le village grandit suffisamment, suite à la démographie galopante, pour avoir sa propre mairie en  1656.  Avec l’arrivée de la dentellerie et de l’horlogerie, le village évolua en une ville prospère, rivalisant avec le Le Locle en taille et en importance. 

Les contacts étroits de la région avec la France voisine ont engendré une forte sympathie pour la  Révolution et les idéaux républicains. La littérature “Subversive” d’outre frontière a été interdite par le gouvernement neuchâtelois, mais les contacts journaliers avec les marchands, les soldats et plus tard avec les réfugiés français ont continués d’influencer l’opinion locale, particulièrement dans les centres industriels du Locle et de la Chaux-de-Fonds. En 1792, plus de 1’000 habitants des montagnes neuchâteloises traversèrent la frontière pour célébrer l’enterrement de la monarchie française à Morteau, et certains prêtèrent serment à la république française. Deux sociétés patriotiques furent formées au Locle et à la Chaux-de-Fonds, les “bonnet rouges de la liberté“ furent distribués aux sympathisants, créant des confrontations avec ceux restés fidèles à la Prusse. Dans les montagnes, seul la vallée de la Sagne resta généralement fidèle à la monarchie, Mais les lourdes forces dissuasives du gouvernement de Neuchâtel mena à la dissolution des sociétés patriotiques, et mena au départ de plus de 300 familles du Locle et de la Chaux-de-Fonds pour Besançon en 1793.

En 1798, La Suisse fut envahie par les troupes françaises, mais Neuchâtel ne fut pas touchée grâce à ses liens avec la Prusse.  Après la défaite d’Autriche à la bataille d’Austerlitz en 1806, Friedrich-Wilhelm III céda Neuchâtel à Napoléon, qui le plaça dans les mains du maréchal Berthier.  Berthier ne vint jamais dans sa principauté, mais durant son bref règne on construisit les routes majeures reliant La Chaux-de-Fonds et la vallée de La Sagne à Neuchâtel.  Après la défaite de Napoléon, Neuchâtel fut revendiquée par la Prusse.  Mais la principauté s’était rapprochée de la Confédération Suisse, et après négociations, fut reconnue simultanément principauté prussienne et canton suisse en septembre 1814.

Soulèvement républicain de 1848.

Le mouvement républicain grandissait en importance, et en 1831 une première tentative de renverser le gouvernement échoua rapidement mais qui a eu pour effet de diviser le canton irrévocablement en royalistes et républicains.  L’abdication de Louis-Philippe en France en février 1848 donna l’impulsion finale aux républicains, qui s’assemblèrent à La Chaux-de-Fonds et négocièrent avec les  autorités. 

Le 29 février, des patriotes au Locle brandirent le drapeau Suisse et prirent contrôle du de la ville,  déclarant Neuchâtel une république: une déclaration qui trouva rapidement un écho favorable dans les montagnes neuchâteloises. Le jour suivant, les troupes républicaines marchèrent de la Chaux-de-Fonds à Neuchâtel sous le commandement de Fritz Courvoisier, et prirent contrôle du château sans effusion de sang, le gouvernement décidant sagement de ne pas opposer de résistance. Un gouvernement provisoire fut alors installé sous Alexis-Marie Piaget, et le nouveau statut de Neuchâtel fut rapidement reconnu par la plupart des puissances européennes. Une contre-révolution échoua en 1856, et la Prusse renonça à ses droits sur le canton en 1857.

Sous la nouvelle constitution républicaine, l’école élémentaire devint obligatoire, et le 19ème siècle vit la construction d’écoles de différents types dans la région. La première ligne de chemin de fer dans le canton a été construite entre Le Locle et La Chaux-de-Fonds en 1857, et s’étendit  jusqu’à Neuchâtel en 1860, réduisant l’isolation des villes et villages des montagnes.  La mécanisation fit son apparition graduellement et de grandes fabriques remplacèrent la multitude des petits ateliers.  La Chaux-de-Fonds grandit rapidement pour devenir la plus grande ville du canton, partiellement grâce à l’arrivée d’émigrants suisses allemands.

En 1870, les montagnes neuchâteloises se trouvèrent dangereusement près de la guerre franco-allemande.  Des armes destinées à la France furent confisquées aux Verrières, et plus de 12,000 allemands et de suisses fuyèrent la France au travers du canton lorsque la guerre éclata.  Des troupes furent mobilisées pour défendre les frontières neuchâteloises, et quand l’armée du Général Bourbaki fut vaincu en février 1871, le canton fut autorisé d’accueillir les soldats en déroute aux Verrières: c’est le premier exemple d’aide internationale par la Suisse.

Des troupes furent mobilisées de nouveau lors des deux guerres mondiales, et la récession toucha durement les montagnes neuchâteloises dans les années 1920 et 1930.  L’horlogerie a été restructurée et de nouvelles industries s’installèrent peu à peu. La région n’est plus liée à la seule horlogerie, bien que les musées d’horlogerie de la région témoignent de cette longue tradition.  Dans leurs hautes vallées entourées de forêts de sapins, villes, villages et fermes isolées des montagnes neuchâteloises allient modernité et 850 ans de tradition.